El Departamento de Lexicografía surgió en 1986, debido a la labor lexicográfica que comenzó a desempeñar un equipo de UZEI como apoyo a la Real Academia de la Lengua Vasca (Euskaltzaindia). Su función principal se centra en el tratamiento de corpus y en el trabajo básico de la Comisión del Diccionario Unificado de la Academia. En los inicios del departamento, UZEI diseñó y elaboró el Corpus Estadístico del Euskera del siglo XX que, junto con el Diccionaro General Vasco, sería la base del Diccionario Unificado. Desde 2008 está centrado en la elaboración del Observatorio Léxico de la Academia, corpus que pretende reflejar el euskera de la prensa vasca de los últimos años, y que ya es la nueva base para la comisión del Diccionario Unificado. Este proyecto lo llevan a cabo la Fundación Elhuyar, el grupo IXA de la UPV y UZEI, bajo la dirección de Euskaltzaindia.

El Departamento de Lexicografía también ha realizado otros proyectos como el Diccionario de Frecuencias, Diccionario de Terminaciones o Diccionario de Sinónimos, todos ellos como complementos de la labor lexicográfica, y que se pueden consultar en línea. euLEX, Base de Datos Léxica del Euskera, es el recurso básico para el tratamiento del PLN, que se actualiza constantemente.